Азово-Черноморское территориальное управле­ние Росрыболовства создано в марте 2007 года с целью осуществления функций по контролю и надзору за водными биологи­ческими ресурсами и среды их обитания во внутрен­них водах Российской Федерации, по оказанию государ­ственных услуг, управлению государственным имуще­ством в сфере рыбохозяйственной деятельности, охра­ны, рационального использования, изучения, сохране­ния, воспроизводства водных биологических ресурсов и среды их обитания, а также рыбоводства (за исключением промышленного), рыбопереработки.

В зону ответственности Управления входят территории Крас­нодарского края, Республики Адыгея, Карачаево- Черкесской Республики, Ставропольского края, Ростовской, Волгоград­ской, Воронежской, Липецкой, Запорожской, Херсонской, Донецкой Народной Республики, Луганской Народной Республики, Республики Крым и города федерального значения Севастополь.

Площадь обслуживаемой территории составляет 494,0 тыс. км2, средняя плотность населения - 40,1 чел./км2.

В водный фонд бассейна входят: российские  акватории Черного и Азовского морей, Керченский пролив и Таганрогский залив общей площадью 139,5 тыс. км2; более 23600 рек общей протяженностью около 105 145 км; 22 крупных водохранилища и  13 707 прудов, озер и лиманов общей площадью 1722,2 тыс. га.

В структуру Азово-Черноморского территориального управления Росрыболовства входит 18 отделов, в том числе 10 отделов центрального аппарата и 8 обособленных структурных подразделений:

- Кубано-Адыгейский отдел государственного контроля, надзора и охраны водных биологических ресурсов;

- Кавказский отдел государственного контроля, надзора и охраны водных биологических ресурсов;

- Азово-Кубанский отдел государственного контроля, надзора и охраны водных биологических ресурсов

- Верхнедонской отдел государственного контроля, надзора и охраны водных биологических ресурсов;

- Нижнедонской отдел государственного контроля, надзора и охраны водных биологических ресурсов;

- Прикавказский отдел государственного контроля, надзора и охраны водных биологических ресурсов;

- Цимлянский отдел государственного контроля, надзора и охраны водных биологических ресурсов;

- Крымский отдел государственного контроля, надзора и охраны водных биологических ресурсов.

Азово-Черноморский бассейн богат рыбными ресурсами. В данном рыбохозяйственном бассейне обитают такие особо охраняемые виды рыб, как белуга, русский осетр, севрюга, стерлядь, черноморский лосось. Основные промысловые виды - сазан, лещ, судак, тарань, черноморские кефали, азовская хамса, камбала-калкан, чер­номорская килька, хамса. Кроме того, существенную при­бавку уловам дают виды водных биоресурсов, акклиматизированные в этом бассейне: пиленгас (дальневосточная кефаль) и растительноядные рыбы (белый и пестрый толстолобики, белый и черный амуры). 

В бассейне функционирует большое количество рыбоводных заводов, рыбопитомников нерестово-выростных хозяйств, в следующих субъектах Российской Федерации:

 в Краснодарском крае:

- Азово-Черноморский филиал ФГБУ «Главрыбвод» 

-  «Ачуевский ОРЗ» ОСП ФГБУ «Главрыбвод»

- «Темрюкский ОРЗ» ОСП ФГБУ «Главрыбвод»

- «Гривенский ОРЗ» ОСП ФГБУ «Главрыбвод»

- «Адыгейский осетровый рыбоводный завод» ОСП ФГБУ «Главрыбвод»

- Кизилташское нагульно-воспроизводственное кефалевое хозяйство ОСП ФГБУ «Главрыбвод»

- Адлерский производственно-экспериментальный рыбоводный лососевый завод ОСП ФГБУ «Главрыбвод»

-  Производственно-экспериментальный рыбоводный лососевый завод «Джегош» ОСП ФГБУ «Главрыбвод»

- АО «Племенной форелевый завод «Адлер»

- «Бейсугское НВХ» ФГБУ «Главрыбвод»

- «Ейское экспериментальное хозяйство по разведе­нию и воспроизводству рыбы» ОСП ФГБУ «Главрыбвод»

- «Восточно-Ахтарское НВХ» ОСП ФГБУ «Главрыбвод»

- «Черноерковское НВХ» ОСП ФГБУ «Главрыбвод»

в Волгоградской области:

- ФГБУ «Медведицкий экспериментальный рыборазводный завод»

- Цимлянский завод по разведению частиковых рыб ОСП ФГБУ «Главрыбвод»

в Ростовской области:

- Азово-Черноморский филиал ФГБНУ «ВНИРО» («АЗНИИРХ»)

- НЦА «Взморье» Азово-Черноморского филиала ФГБНУ «ВНИРО» («АЗНИИРХ»)

- Азово-Донской филиал ФГБУ «Главрыбвод»

- «Рогожкинский рыбоводный завод» ОСП ФГБУ «Главрыбвод»

- «Аксайско-Донской рыбоводный завод» ОСП ФГБУ «Главрыбвод»

- Донской осетровый завод ОСП ФГБУ «Главрыбвод»

История создания государственных органов рыбоохраны в Азово-Черноморском бассейне берет начало с 1939 года, когда в систему Главрыбвода Наркомата рыбной промыш­ленности СССР вошло Краснодарское Азово-Черноморское управление рыбоохраны и регулирования рыболовства и рыбоводства. Главной задачей управления являлся контроль за рыбохозяйственными водоемами Краснодарского края, охрана рыбных запасов, регулирование рыболовства, искус­ственное воспроизводство наиболее ценных промысловых видов рыб.

На первых порах в составе управления было 8 инспекций и 1 рыбоводный завод. В дальнейшем, после ряда реоргани­заций и укрупнения за счет Донского бассейна, управление преобразовалось в ФГБУ «Азчеррыбвод». В зону ответствен­ности управления кроме Краснодарского края и Республики Адыгея вошли Ставропольский край, Карачаево-Черкесская Республика и Ростовская область, где действовали республи­канские, краевые, областные и 22 районные инспекции ры­боохраны. В структуре ФГБУ «Азчеррыбвод» было уже 3 рыбо­водных завода (1 осетровый и 2 лососевых). В то время рыбоохранная работа на подконтрольных водое­мах осуществлялась силами 270 государственных инспекто­ров. Ежегодно ими вскрывалось до 25 тыс. нарушений рыбоохранного за­конодательства, а количество изыма­емых запрещен­ных орудий лова превышало 40 тыс. единиц.

Большая рабо­та проводилась по  определению ущерба, наносимого работой более 600 водозаборных стан­ций и сооружений. Ежегодно число водозаборов, не обору­дованных РЗУ, снижалось. Апробировались новые, более эффективные системы рыбозащиты, которые затем находи­ли применение и в других регионах России. Рыбоводные заводы наращивали выпуск молоди осетровых, черноморского лосося и форели. С выходом на проектную мощность Донского осетрового завода выпуск молоди осе­тра, севрюги белуги и стерляди достиг 3,5 млн. шт. Кроме того, в водоемы выпускалось более 200 тыс. шт подращен­ной молоди лососевых.

С возвращением Росрыболовству контрольно-надзорных функций в области рыболовства и охраны водных биоре­сурсов открывается новая страница истории органов рыбо­охраны России. Эстафету этого трудного и важного для стра­ны дела в Азово-Черноморском рыбохозяйственном бассейне приняли сотрудники территориального управления Росрыболовства, которые совместно с другими подведомственными организациями, правоохранительными органами и общественными объединениями горячо взялись за работу.

Несмотря на трудности организационного периода, в 2014 году госинспекторами управления вскрыто 12 140 нарушений рыбоохранного законодательства в области рыболовства и сохранения водных биоресурсов. В правоохранительные органы передано 427 материалов, в которых усматриваются признаки уголовного преступления, предусмотренные ст.256 УК РФ. На нарушителей наложено административных штрафов на общую сумму  50 587,3 тыс. руб. и предъявлено ущерба, причиненного водным биологическим ресурсам на сумму 3 394,2 тыс.руб.

Должностными лицами Управления за период 2014 года изъято более  29,2 тонн  водных биоресурсов, 27 528 единиц орудий лова, 1388 единиц транспортных средств.

Среди сотрудников Азово-Черноморского территориального управления  и  подведомственных Росрыболовству ­учреждений немало заслуженных работников, которые нередко с риском для жизни выполняли свою нелёгкую работу. В первую очередь это А.П. Сушков - заместитель начальника ФГУ «Аздонрыбвод», проработавший в органах рыбоохраны 41 год, награжденный медалью «300 лет Российскому флоту», удостоенный почетного звания заслуженный работник рыбного хозяйства РФ»; Н.П. Сушкова - начальник отдела мониторинга, почетный работник рыбного хозяйства, также отработавшая в отрасли 41 год; А.С. Никитенко - помощник начальника управления ФГУ "Азчеррыбвод», отработавший в органах рыбоохраны 44 года, заслуженный   работник   сельского   хозяйства Кубани, почетный работник органов рыбоохраны России, почётный рыбовод России; И.М. Дмитриев - 47 лет стажа в органах рыбоохраны, почетный работник органов рыбоохраны; И.А. Удод - стаж 44 года, почетный работник органов рыбоохраны России; Л.Д. Фокина - стаж 46 лет, почетный работник органов рыбоохраны России; Н.Е. Саркисов, K.Г. Гладких - руководитель Воронежского филиала, 40 лет отдавший избранному делу, награжден медалью «За заслуги перед Отечеством» I степени, почетный работник органов рыбоохраны; З.В. Кожуховская - главный ихтиолог отдела, отработавшая в органах рыбоохраны более 30 лет, почётный работник органов рыбоохраны и почетный работник рыбного хозяйства; А.Ф. Репин - начальник отдела транспорта и флота, почетный работник органов рыбоохраны, также отработавший более 30 лет; П.С. Семилетов - начальник отдела рыбоводства и воспроизводства ВБР; В.В. Травинская - ведущий специалист, почетный работник органов рыбоохраны; Н.П. Шаталов- начальник участка ЦРЗ, почётный рыбовод России;   Н.В. Семина - главный рыбовод ЦРЗ, заслуженный   рыбовод   России;   Н.Н.   Володькина - ведущий ихтиолог, заслуженный работник рыбного хозяйства РФ, почетный работник органов рыбоохраны России; А.Т. Торопылин - начальник отдела, почетный работник органов рыбоохраны.